巴比伦的强大果然被证明是过眼烟云，因为在它的东面，现今伊朗的境内，出现了一个更为强大的波斯帝国。公元前539年，波斯开始进攻巴比伦。不久之后，不但巴比伦被攻破，地中海东岸，包括巴勒斯坦，以及更靠西南的埃及，也都落入波斯的统治。对流放中的犹太人来说，这一次帝国的更替，就象是他们的祈祷终于得到了回应。按照《圣经》里的记载，波斯国王Cyrus下诏：“耶和华天上的神，已将天下万国赐给我，又嘱咐我在犹太耶路撒冷为他建造殿宇。你们中间凡作他子民的，可以上去，愿耶和华他的神与他同在。”于是共有“四万二千三百六十名”在巴比伦的犹太人，外加上仆人，牲畜，浩浩荡荡回到耶路撒冷，重建耶和华圣殿。
　　
这样的描述，并不为现今的大多数历史学家所接受，因为没有理由相信波斯国王会将自己的帝业归功于耶和华。波斯的崛起在古代中东的历史上是一件划时代的大事。早在公元前约三千年前后，源自阿拉伯沙漠讲Semite语言的民族开始征服定居的农业社会，两河地区一直是由他们主导与统治。亚述与巴比伦统治者，也都操着Semite语言。波斯在公元前六世纪击败巴比伦之后，使得非Semite人（包括后来的希腊与罗马）得以在政治上统治西亚。这一状况又持续了一千年，要到公元七世纪前后，穆罕穆德率领阿拉伯穆斯林从沙漠中崛起，西亚才又回复到Semite人的统治。波斯新征服的地中海东岸地区，也是讲Semite语言的地区，而波斯所采取的统治政策与亚述及巴比伦正好相反。亚述与巴比伦将当地的上层社会流放，如同对当地社会实施政治上的“斩首”。波斯却将这些被流放者找来，请他们回到故地当波斯的代理人，来统治这一地区。对于当地居民的宗教信仰，波斯采取极为宽容的态度，给予相当的自由，甚至帮助他们修复被荒废捣毁的祭坛或者圣殿。所以《圣经》所述波斯王Cyrus对犹太人的优待，倒是有几分象现代社会中的所谓“民族政策”，并不是出于对犹太人或其宗教的特殊厚爱。而在其后的历史上，巴勒斯坦虽然经历了风风雨雨，犹太人却也一直维持着对波斯的忠诚。
　　
从宗教上来说，波斯人信的是多神教。多修一个神殿，多奉一个神明，就多得一方照应，算是一件善举。但是看在信奉“一神论”的犹太人眼里，却是另一番滋味。就好象波斯王成了上帝耶和华的代理人，他们对上帝的忠诚终于得到了回报。上帝不但没有放弃他们，还给了他们一次回归的机会。从巴比伦回到巴勒斯坦的，只是当地犹太人中的少数。毕竟从流放到回归，期间已经过了半个多世纪，三代人的时间。绝大部分在巴比伦的犹太人都是在当地出生长大的，家业都在当地，从来就没有去过贫穷的巴勒斯坦。但是他们所带回巴勒斯坦的，却是在流放期间历经锤炼的犹太教义。作为波斯的代理人，他们掌握了当地的政治权力。而这种权力与犹太教义的结合，产生了“政教合一”的统治，给了犹太教一次实践的机会，并从根本上改造了犹太社会。
　　
此时的巴勒斯坦，最重要的城堡是依然北边的Samaria，也就是过去在北边的以色列王朝的首府，后来则成为亚述及巴比伦军的驻扎地，而再后来则换成了波斯军。Samaria周围依然有很多以色列人的后裔。虽然当地上层社会是随亚述及巴比伦大军而来的征服者，但是随着时间的推移，这些外来统治者与当地以色列后裔相互融化，竟然也逐渐成为耶和华的信徒，信奉着《摩西五经》。回归的犹太人计划重建圣殿的时候，他们派代表来耶路撒冷，希望能一起参加，却遭到了拒绝，因为犹太人认为他们有了太多异族的血统。（有的现代评论者说，其实从巴比伦回归的犹太人异族的血统也不少。）由此也种下了二者之间在以后历史上的种种怨恨。这些以色列后裔后来就变成了前边所提到的Samaritans，“Samaria”的地名成了他们的身份认同。在其后的希腊统治时期，他们曾经自己修建过另一个供奉耶和华的圣殿，更是加剧了与犹太人的对立。按照犹太教义，不但上帝只有一个，崇拜上帝的圣殿也只能有一个。所以再后来犹太人发动反对希腊的起义成功之后，Samaritans的圣殿被他们强行摧毁。而二者之间的仇视一直到公元纪年后成文的《圣经新约》之中，也就是耶稣的生平时代，还有不少记载。
　　
耶路撒冷却在巴比伦入侵时被完全摧毁了，变成了一个几乎是完全开放的村庄，住着躲过了战争与流放的幸存者。也因此，其周围存在着相当程度的政治真空，正好为回归的犹太人所填补。他们所做的第一步，是要重建圣殿。从统治范围上来说，他们只有耶路撒冷周围的一小块地域，甚至比不上过去那个小小的犹太国。可以用来修建圣殿的资源自然也是远比不上Solomon第一次建圣殿的时期。于此同时，波斯还在对外发动战争，其中最为著名的是与希腊诸岛联盟之间的战争，其统治下的各地自然要为此缴税纳贡。波斯帝国在当时已有相当的规模，东起印度，西至地中海东岸和埃及。这其中印度的行省最为富裕，对国库的贡献最大。相形之下，巴勒斯坦的位置算不上重要。据当时的希腊历史学家Herodotus的估算，整个巴勒斯坦所上缴的税额，其中包括了犹太人、Samaritans、Phoenicians、塞浦路斯（地处靠近地中海东岸的一个小岛）及周围其他部落的贡献，不过只占了帝国总财政收入的约百分之二而已。Herodotus在他的历史著作中，对中东区域的民族风俗都有相当详细的介绍，但是却完全没有提到过犹太人。由此也可以看出，犹太人在当时只是地处偏僻、不大为人所知的一个小民族。巴勒斯坦的经济水平，原本就较为落后，一般民众在年成较好的时候也就只能维持温饱而已。波斯的税收成为很大的经济负担，也使得圣殿的重建极为不顺利，前后拖延了二十年时间才建成。
　　

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